东南大学生物医学工程是国家重点学科和国家级一流本科专业，有博士点、硕士点、博士后流动站（4次被评为优秀），建有国家级实验教学示范中心、国家级工程实践教育中心、生物电子学国家重点实验室、儿童发展与学习科学教育部重点实验室、江苏省生物材料与器件重点实验室、器官芯片教育部学科创新引智基地、国际联合研究中心以及地方产业研究院等一批从基础研究、高技术研究到应用转化与国际合作的高水平交叉创新平台与研究型复合人才培养基地。在教育部的生物医学工程学科全国评估中，2007年和2012年排名第一，2017年获得A+评级，入选首批双一流学科建设名单。被推举为江苏省新型医疗器械产业智库单位，被教育部等七部委指定为“生物医学大数据技术”人才培养与科技创新合作体牵头单位。

  学院下设四个学系：生物医学工程系、生物信息学系、智能医学工程系、脑与学习科学系。拥有一支高端人才领军、高水平人才聚集的教师队伍，现有专任教师107名，其中教授46人，副教授49人，博士生导师50人、硕士生导师86人，在2002年、2005年和2018年3次获国家自然科学基金创新研究群体。近五年来，承担了200多项国家和省部级科研项目，到账经费累计达6.32亿元，发表SCI论文1375篇，表现不俗论文346篇，ESI高被引论文91篇，申请发明专利数524，授权发明专利303项，出版专著13部，获得国家及省部级科技奖励20项。在微纳米功能材料与生物医学纳米技术、生物传感与检测、器官芯片、医学影像及设备、脑与学习科学等方面取得了一系列研究成果。