根据国务院学位委员会学科评议组审核《授予博士、硕士学位和培养研究生的学科、专业目录》，生物医学工程（083100）只设一级学科，不分设二级学科，但各高校可结合学科发展方向自主设置二级学科，东南大学在生物医学工程一级学科下自主设置神经信息工程、生物信息技术、医学影像与医学电子学、生物医学纳米技术、生物医学材料与器件等5个二级学科。

1、神经信息工程：研究学习的规律，研究学生如何有效地从原有知识和能力，向新知识和能力的转移。

2、生物信息技术：实现生物技术和信息技术以及其他学科的有机结合，发展生物信息高通量、高效、快速的提取方法，发展疾病检测的新方法和新技术，发展研究药物与靶标作用的新方法，发展基因组数据、蛋白质组数据和结构基因组数据的计算机处理、分析和可视化方法，解析生物大分子结构和功能之间关系等，提高生物信息处理、分析和利用的水平，为我国生命科学和生物技术的源头创新奠定基础。

3、医学影像与医学电子学：医学图像处理和分析、计算机辅助诊断和治疗、医学物理等，以及生物、医学和工程学等领域理论和方法，并通过这些学科的交叉形成了新型学科。

4、生物医学纳米技术：包括纳米生物材料、纳米生物器件研究、纳米生物技术在临床诊疗中的应用、纳米材料与器件的计算模拟。

5、生物传感芯片与生物医学器件：生物医用材料研究，用于人体、器官的诊断、修复、替换或增进其功能。